Супрун, северодвинец по рождению, стал фигурантом уголовного дела за то, что при подготовке материалов, в том числе для зарубежных организаций, о жертвах сталинских репрессий раскрыл конфиденциальные сведения о людях. Ученые считают, что ФСБ и прокуратура пытаются воспрепятствовать анализу исторических сведений о репрессиях. Отмечается, что у профессора изъят и ряд архивных материалов, не имеющих отношения к теме репрессий. Например, дневник председателя Совнаркома В.М. Молотова, в котором содержатся записи его бесед с Гитлером.