Следствием Некрасов обвинялся сразу по нескольким статьям УК РФ — присвоение или растрата с использованием служебного положения, злоупотребление и превышение должностных полномочий. Факты относились к тому времени, когда Некрасов еще являлся первым замом главы администрации Онежского района (до марта 2007 года).
По версии гособвинения, Некрасов после заключения муниципального контракта на постройку многоквартирного дома вдобавок подписал с подрядчиком дополнительное соглашение, увеличив цену заказа более чем на десять процентов. Обвиняемому инкриминировались и другие эпизоды: подписание такого же дополнительного соглашения к муниципальному контракту на реконструкцию здания и платежных документов на перечисление средств частному перевозчику с завышенной суммой, приобретение за счет бюджетных средств квартиры для участника войны по стоимости, превышающей рыночную.
Дело рассматривали сразу трое федеральных судей Северодвинского городского суда — Алексей Головко, Андрей Лысоченко и Анатолий Миронов. В судебном заседании вина Некрасова не была установлена, и суд вынес ему оправдательный приговор по всем эпизодам. Государственное обвинение намерено обжаловать приговор.