На заседаниях правительства работа министерства Сергея Аверина не раз подвергалась критике губернатором Ильей Михальчуком. В частности, в январе 2010 года информацию экономического блока по планам на год губернатор назвал демагогией. Особый резонанс вызвал доклад Министерства регионального развития РФ об оценке эффективности деятельности органов исполнительной власти субъектов РФ по итогам 2009 года, где позиции Архангельской области оказались провальными. По динамике эффективности регион оказался на 75-м месте из 83 (данные 2009 года сравнивались с показателями 2007 года). По общему уровню эффективности область скатилась на 82-е место, а в сфере экономики и госуправления заняла 83-е место из 83.
Данные Минрегиона обсуждались на правительственном заседании в начале сентября. К тому времени федеральное министерство обнародовало экономические показатели по итогам первого полугодия 2010 года. В индексе реального сектора экономики область заняла 14-е место в максимальных значениях роста. По темпам роста промышленного производства Архангельская область вошла в двадцатку лучших регионов страны и заняла второе место в СЗФО.
Однако губернатор призвал министра не почивать на лаврах неплохих экономических показателей 2010 года, а объяснить отрицательные оценки, которые поставило области Минрегионразвития РФ по итогам 2009 года. На заседании правительства 5 октября министра поддержал депутат облсобрания Виктор Казаринов, который назвал Аверина одним из лучших руководителей экономического блока за последние несколько лет. Он подчеркнул, что быстрых результатов в экономике добиться сложно. Казаринов заметил, что с приходом Аверина министерством была проведена колоссальная работа, от которой некоторые ожидают сразу стремительных результатов.
По информации «Бизнес-класса», новость об уходе Аверина с сожалением восприняли представители малого предпринимательства, с которыми министру удалось найти общий язык. В частности, в Архангельском региональном отделении «ОПОРЫ России» считают, что Аверин старался не на словах, а на деле поддержать малый бизнес...
Напомним, что в последнее время наблюдается исход областных чиновников. По разным причинам покинули свои посты зам. губернатора Дмитрий Таскаев, заместитель по вопросам экономического развития и финансам Дмитрий Плетнёв, зам. губернатора по социальным во-просам Елена Кудряшова, зам. главы администрации Архангельской области Александр Топчий, председатель областного комитета по физической культуре и спорту Николай Потеряев. Все они заняли должности в Северном (Арктическом) федеральном университете.
На заместителя губернатора по инфраструктурному развитию Сергея Молчанского заведено уголовное дело, бывший начальник департамента конкурентной политики Сергей Акулов и советник Молчанского Николай Беспалый — фигуранты другого уголовного дела.
Кресла двух замов губернатора пустуют, теперь вакантна должность министра экономического развития.