Судьба его трагична. В 1740 году он нескольких месяцев от роду был возведён на престол после смерти тётки его матери Анны Иоанновны. В следующем году Иван и его родители были отстранены от власти (трон в результате переворота заняла Елизавета Петровна) и через некоторое время сосланы в Холмогоры. Затем Иван был разлучён с семьёй и помещён в Шлиссельбург-скую крепость, где провёл в заключении долгие годы. В 1764 году охранявший бывшего императора поручик Мирович пытался освободить его и снова возвести на трон. Охрана согласно тайным инструкциям умертвила Ивана, а Мирович был казнён. Место захоронения экс-императора считалось неизвестным.
И вот группа учёных заявила о том, что множество признаков указывают на то, что найденные в Холмогорах останки принадлежат Ивану VI. На состоявшемся недавно в информационном агентстве «Двина-Информ» круглом столе выступил руководитель поисковой группы Анатолий Каранин. Были приглашены спикер облсобрания Виталий Фортыгин, заместитель губернатора Надежда Макарова, ректор САФУ Елена Кудряшова и даже секретарь попечительского совета уже созданного фонда «Император» небезызвестный Владимир Станулевич.
А через несколько дней последовало опровержение. Депутат законодательного собрания Санкт-Петербурга председатель совета Межрегиональной ассоциации археологов Алексей Ковалёв на пресс-конференции компании «Помор-тур» заявил, что идентифицировать останки никогда не удастся. Поисковики, по его мнению, действовали незаконно. Ковалёв направил письма губернатору Илье Михальчуку и в Генпрокуратуру РФ. Он предложил изъять все материалы раскопок и передать их на государственное хранение, а также провести проверку законности раскопок.
Между тем останки находились в частных руках, у настоятеля холмогорской церкви священника Леонтия. В начале декабря он повторно захоронил их по православному обычаю.