Он отрицает факты получения взяток, ссылаясь на особенности управления многофункциональным учебным учреждением. Причиной же ареста Сидоров называет следующее. Во-первых, буквально накануне задержания он выступил в «Правде Севера» и «Медицинской газете» со статьями, в которых резко протестовал против включения СГМУ в состав Северного Арктического федерального университета. Во-вторых, как действующий психотерапевт он разработал методы лечения алкоголиков, наркоманов, гомосексуалов, педофилов. Такими людьми, утверждает академик медицины, легко манипулировать. Ряд подобных личностей, занимающих высокие посты, объединились в борьбе против ректора.
Павел Иванович заявил: «Никто не уверен, что со своим набором болезней Сидоров доживет до какого бы то ни было приговора суда». Пользуясь случаем, он благодарит семью и родных, друзей и сподвижников, которые всё это время оказывали моральную поддержку. Особые слова признательности покойному епископу Тихону.
Газета предоставила слово и сотрудникам следствия. Они заявляют, что ректор Сидоров лично контролировал заключение договоров аренды и проведение конкурса. Как заявляют лица, признавшиеся во взятках, предварительно Сидоров оговаривал с ними оплату лично для себя (обычно десять процентов от общей суммы). С одного договора выходило до 400 тысяч рублей. Общая сумма полученных взяток составила более шести миллионов. Теперь дело за судом.