Каранин и его сторонники (а в Архангельске даже создан фонд «Император» во главе с известным деятелем медиа-бизнеса Владимиром Станулевичем) утверждают, что тело Иоанна было перевезено с места его убийства в Шлиссельбургской крепости в Холмогоры, где находились в ссылке его родители и братья из Брауншвейгского семейства, да и сам он содержался в течение 15 лет.
Специалисты Российского судебного центра криминалистики совместно с учёными архангельских вузов приводят ряд доказательств в поддержку этой версии. В частности, саркофаг, в котором захоронен покойный, предназначен для перевозки и изготовлен из карельской сосны. Дерево было срублено в год смерти Иоанна.
Фонд «Император» собирается обратиться за помощью к властям Швеции и города Хорстинсе, где захоронены члены Брауншвейгского семейства, чтобы произвести сравнительный анализ ДНК. Действия фонда одобрены Архангельской епархией. Епископ Даниил благословил на установление памятника Иоанну VI в Холмогорах (найденные останки захоронены под сводами местного храма). 9 февраля в основание заложен первый камень.
Между тем далеко не все специалисты согласны с тем, что останки принадлежат императору. Целый цикл статей на эту тему опубликовал в газете «Архангельск» известный краевед почётный гражданин областного центра Геннадий Попов.