Существующее название напоминает о тех временах, когда здесь размещалась колония для заключённых. А Крепость — родовое имя посёлка, поскольку здесь при Петре Первом построена Новодвинская крепость, стены и бастионы которой сохранились до наших дней. Сейчас разворачивается её реконструкция.