Он обвиняется в получении взяток путем вымогательства в крупном размере. По данным Следственного комитета, в течение десяти лет имели место 197 фактов получения Сидоровым взяток в виде денежных средств от восьми лиц на общую сумму более шести миллионов рублей. В апреле 2009 года при получении очередной взятки Сидоров был задержан с поличным. 16 мая 2011 года суд удовлетворил ходатайство следователя и временно отстранил Павла Сидорова от занимаемой должности ректора СГМУ. От обвиняемого поступило ходатайство о рассмотрении дела судом с участием присяжных заседателей. Вину в инкриминируемых ему деяниях он не признал.