Вердиктом коллегии присяжных он признан виновным по всем пунктам обвинения (получение взяток путем вымогательства в крупном размере). В течение 11 лет Сидоров вымогал взятки в виде денежных средств от восьми лиц, которые возглавляли коммерческие общества, на общую сумму более шести миллионов рублей за благоприятное для них влияние на результаты конкурсов на право заключения договоров аренды помещений университета и выполнение работ.

В судебных прениях государственное обвинение ориентировало суд назначить Сидорову наказание в виде 13 лет лишения свободы со штрафом в доход государства в размере восьми млн. рублей, с лишением права занимать должности, связанные с выполнением организационно-распорядительных и административно-хозяйственных функций в государственных учреждениях сроком на три года и с лишением государственных наград: ордена «За заслуги перед Отечеством» IV степени, ордена Почёта, медали «За трудовое отличие», почётного звания «Заслуженный деятель науки Российской Федерации».

Местом отбывания наказания определить исправительную колонию строгого режима.