После неудачи в борьбе за мандат губернатора с покойным Анатолием Ефремовым в 2000 году Николай Алексеевич занимал руководящие должности в ПГУ, администрации Ненецкого округа, в Минфине РФ. С 2005 года был заместителем руководителя Федеральной службы финансово-бюджетного надзора.